蛋白质组学研究中,数据库检索是将质谱采集的原始谱图数据与蛋白质组数据库进行比对解析,以获得肽段及蛋白鉴定和定量信息的关键步骤。此过程主要涉及四个主要环节:样本制备、质谱检测、数据库检索与数据分析。本文重点阐述了质谱检测数据的数据库检索方法。数据库检索软件通常分为商业软件和开源软件两大类。
蛋白质组学数据库检索是蛋白质组学研究中用于鉴定和定量蛋白质的关键步骤,主要包括输入文件、肽段与蛋白鉴定、蛋白定量三个环节。以下是关于蛋白质组学数据库检索的详细解常用数据库检索软件:商业软件:如Proteome Discoverer、Spectronaut、ProteinPilot等,这些软件由商业公司开发,功能强大且易于使用。
MaxQuant:非标定量蛋白质组学数据库检索详解 MaxQuant,由马克斯-普朗克生物化学研究所开发的蛋白质组学工具,内置搜索引擎Andromeda,支持多种质谱数据格式。本文将重点介绍如何使用MaxQuant进行非标定量(LFQ)蛋白质组学数据的数据库检索。
MaxQuant是一款由马克斯-普朗克生物化学研究所开发的蛋白质组学软件,包含Andromeda搜索引擎,支持主流质谱仪原始数据格式。MaxQuant提供标记和非标定量分析,自0版本起,还支持DIA分析。其非线性质量校正和Match Between Runs功能,能显著提高蛋白鉴定数量和定量准确性。
蛋白质数据库 UniProt (The Universal Protein Resource)网址: uniprot.org/ ebi.ac.uk/uniprot/ 简介:提供蛋白质序列、功能信息,如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、变异度、二级结构、三级结构等。
IUPHAR-DB IUPHAR-DB为G蛋白偶联受体、离子通道数据库,提供这些蛋白的基因、功能、结构、配体、表达图谱、信号转导机制、多样性等数据。此数据库可用于药物靶点查找,支持按照免疫过程信号通路查询、在不同细胞特异表达查询、根据蛋白是激酶、离子通道分类进行查询等功能。
1、步骤:打开电脑上的浏览器,然后再浏览器地址界面里输入百度主页的地址(当然,如果大家能够将Pubmed数据库的网址默写出来也可以直接将地址输入到浏览器地址框里),因为这里不允许贴地址,所以就不放地址出来,大家按照后面流程获取。
2、基本检索方法 直接检索:在PubMed的搜索界面直接输入关键词,如“mutation”,系统将默认在所有领域进行搜索。高级检索:点击PubMed主页的“高级”选项,进入高级检索界面。在此界面,可以选择关键词所在领域,如题目、摘要等,并输入相应的关键词进行搜索。
3、进入PubMed的高级检索界面。选择特定的检索条件,如题目、摘要、作者等,进行精细化检索。通过这种方式,可以进一步减少结果数量,提高检索效率。临床资料查询:利用PubMed首页的临床资料查询功能。根据疾病名称进行筛选,并结合药物名称进行检索。这种方式能够更精准地找到与临床相关的文献。
4、PubMed主题检索的使用方法:进入PubMed主页:打开PubMed数据库网站,这是生物医学方面的论文搜寻以及摘要的免费数据库。进入高级搜索页面:在PubMed主页的搜索框下方,找到并点击“高级搜索”链接。输入主题词:在高级搜索页面的“主题”输入框中,输入与你要查找的内容相关的主题词,例如“糖尿病”。
分析问题,明确文献需求。选择文献检索工具。确定检索途径、检索词。调整检索策略。根据文献线索,获取全文。选择检索系统:首先,我们需要选择一个适合的检索系统。常见的检索系统包括图书馆数据库、搜索引擎、学术搜索引擎等。对于不同类型的研究,我们需要选择不同的检索系统。
- 在所选数据库中输入检索词和策略,执行检索。 筛选检索结果:- 根据结果筛选符合要求的文献,依据标题、摘要、作者、出版时间等标准。 阅读与整理文献:- 阅读筛选出的文献,进行分类、归纳、总结,为后续研究提供方便。 引用与参考文献:- 在撰写论文时,遵循规范引用格式引用相关文献。
文献检索的方法和步骤如下: 直接法,也称为常用法,涉及使用检索系统直接查找文献信息。这包括顺查法、倒查法和抽查法。顺查法是按照时间顺序,从远到近地通过检索系统进行文献信息查找。倒查法则是从新到旧,逆时间顺序进行文献检索,侧重于获取最新资料。
文献信息检索的步骤包括:分析课题、选择检索工具、确定检索途径、选择检索方法、查找文献线索、索取原始文献。分析课题分析课题所需的文献类型学年论文的课题为——中外特殊教育师资培养的比较研究。
1、分析问题,明确文献需求。选择文献检索工具。确定检索途径、检索词。调整检索策略。根据文献线索,获取全文。选择检索系统:首先,我们需要选择一个适合的检索系统。常见的检索系统包括图书馆数据库、搜索引擎、学术搜索引擎等。对于不同类型的研究,我们需要选择不同的检索系统。
2、分析研究课题:分析研究课题的主题内容、所属学科,从而析出主题概念,然后确定课题所需查找文献的时间范围、国家范围和文献类型范围。制定检索策略:在分析检索提问的基础上,确定检索的数据库、检索的用词,并明确检索词之间的逻辑关系和查找步骤的科学安排。
3、文献的检索方法主要包括:直接检索法、间接检索法、综合检索法。直接检索法 直接检索法是一种基于已知文献信息的检索方式。当研究者明确知道所需文献的作者、题目、发表年份或关键词等信息时,可以直接在数据库或图书馆目录中进行检索。这种方法快速有效,适用于对特定文献的精确查找。
4、确定检索词与策略:- 基于检索主题与目的,选取相关检索词并制定检索策略,使用同义词、关联词、截词法等。 执行检索操作:- 在所选数据库中输入检索词和策略,执行检索。 筛选检索结果:- 根据结果筛选符合要求的文献,依据标题、摘要、作者、出版时间等标准。
网络数据库的信息检索,指的是在互联网环境下,利用特定的工具和方法,对分布在网络数据库中的数据进行查找、筛选、识别和获取的过程。以下是 定义与概述:网络数据库的信息检索,涉及利用计算机技术和网络通讯技术,从大量的网络数据库中快速准确地查找出所需信息。
是查找信息的方法和手段,是用户进行信息查询和获取的主要方式,信息检索也是一个匹配的过程。信息存储是实现信息检索基础。存储信息包括原始文档数据、图片、视频和音频等,将原始信息进行计算机语言转换,并存储在数据库。
\x0d\x0a\x0d\x0a网络信息检索:指因特网检索,是通过网络接口软件,用户可以在一终端查询各地上网的信息资源。这一类检索系统都是基于互联网的分布式特点开发和应用的,即:数据分布式存储、用户分布式检索、数据分布式处理。
检索是指在数据集合中通过特定的关键词或查询条件搜索所需信息的过程。以下是关于检索的详细解释:定义:检索,又称搜索,是通过特定的关键词、短语或查询条件,在数据集合中查找并获取所需信息的过程。
英语缩写词DBIR通常代表Database Information Retrieval,中文意指数据库信息检索。这一术语涵盖了数据库查询和信息获取的核心概念。它在计算机科学,特别是数据库管理领域中占有重要地位,涉及到数据库技术、搜索引擎、数据挖掘等多个技术领域。
近年来随着计算机网络的全面普及,多媒体信息检索发展很快。信息检索经历了手工检索、计算机检索到目前网络化、智能化检索等多个发展阶段。
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HTML5+CSS3从入门到精通的作品目录 第一部分:HTML5部分,包括第1章~第10章。这部分主要介绍了HTML5相关基础知识,包括HTML5概述、Web开发历史、HTML5文档结构异同与创建HTML5文档、设计HTML5表单、使用HTML5绘画、HTML5音频与视频、如何实现Web本地存储、如...
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