2025年gene数据库：（2025年geo 数据库）

注释数据库介绍之GO、KEGG数据库

GO数据库： 定义：GO数据库是一个全球通用的基因本体，由Gene Ontology Consortium创建。 功能描述：它为基因和蛋白质功能提供多层结构的描述，适用于不同物种。基于分子功能、生物学途径和细胞组成，为基因产物提供统一的注释标准。

为了深入探索基因的功能和相互作用，生物信息学实践者通常需要进行基因功能注释。本文将介绍如何通过GO（基因功能注释）、KEGG（京都基因与代谢途径数据库）、SwissProt（蛋白质数据库）和PFAM（蛋白质家族数据库）以及TFDB（转录因子数据库）进行基因功能注释。

GO、KEGG、GSEA是单细胞测序数据解析的三个高级分析工具，它们各自有独特的功能与应用领域。GO数据库对基因产物进行标准化描述，包含细胞组分、分子功能、生物过程三个维度，GO富集分析则能揭示差异基因在哪些生物学功能、途径或细胞定位上富集，提供基因功能注释。

在生物信息学领域，GO数据库、KEGG数据库以及SGD数据库是不可或缺的工具与资源，它们各自专注于基因功能描述、代谢通路解析与酵母基因信息收集。GO数据库，全称为Gene Ontology（基因本体），它通过细胞组分、分子功能与生物过程三大类目，为基因功能提供标准化描述。

GO分析是针对基因功能分类的数据库分析，而KEGG分析是针对基因参与生物通路的数据库分析。GO分析： 定义：GO是一个基因功能数据库，它提供了基因功能的分类信息。 侧重点：GO分析侧重于基因的基本功能，如蛋白质结构域和文献研究中的功能描述。

NCBI|Uniprot数据库下载已知家族成员

1、NCBI数据库下载步骤：访问NCBI网站：首先，访问NCBI官网，并选择gene数据库。搜索家族名称：在搜索框中输入家族名称，例如“DNA methyltransferase”，确保关键词准确。选择模式物种进行定向检索：推荐使用模式物种如水稻、拟南芥、果蝇等进行搜索，以缩小范围并提高搜索准确性。例如，选择拟南芥作为搜索对象。

2、要从NCBI和Uniprot数据库下载已知家族成员，首先，访问ncbi.nlm.nih.gov，选择gene数据库。在搜索框中输入家族名称，如DNA （cytosine-5）-methyltransferase，确保关键词准确。推荐使用模式物种如水稻、拟南芥、果蝇等进行定向检索。例如，选择拟南芥，进入筛选页面后，点击Protein-coding，然后选择具体物种。

3、UniProt数据库使用指南如下：访问UniProt数据库：登录UniProt官网：https：//。搜索目标蛋白：在搜索栏中输入目标蛋白的名称，如IL6。选择对应的物种以获取更精确的结果。浏览详细信息页面：Function：查看IL6的基本功能和参与的生物学过程，附有参考文献链接，便于深入探究。

4、Uniprot数据库提供了另一种搜索和分析方式。在uniprot.org/上，通过Blast功能找到糖基转移酶，并查看相关文献，同样可以查阅其功能和已有的体外酶活研究。Uniprot与NCBI的搜索基础相似，都是基于已知功能的蛋白质数据库。

三大核酸数据库的特点

三大核酸数据库的特点分别是：Genome收录的物种涉及所有的生物领域：细菌、古细菌、真核生物，以及许多病毒、噬菌体、类病毒、质粒以及含有遗传物质的细胞器。

GenBank 优点： 数据量大：作为早期建立的数据库，拥有海量的核酸序列数据。 注释详尽：提供了丰富的注释信息，有助于研究者理解序列的功能和进化关系。 缺点： 数据质量参差不齐：由于数据来源多元，可能存在数据质量不一致的问题。

市面上存在众多类型的核酸数据库，常见的如BioXFinder，它作为国内首个双语生物数据库，集成了丰富的核酸、蛋白等信息，并包含生信分析工具。GenBank作为早期建立的数据库，拥有大量序列数据，其注释详尽但可能因数据来源多元而质量参差不齐。EMBL作为国际数据库，注释质量高，但界面复杂，可能需要用户适应。